Yargıtay’ın bozma kararının ardından 28 Şubat davasında gerekçeli karar açıklandı. Kararda, sanıkların atılı suçun cebir unsurunun yalnızca tankların yürütülmesiyle değil, organizasyonun diğer faaliyetleriyle de ilişkili olduğu belirtildi. Bu kapsamda, sanıkların Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti’ni düşürme amacıyla kurulan Batı Çalışma Grubu'na katıldıkları ve bu amaca yönelik strateji geliştirdikleri vurgulandı.
Gerekçeli kararda, sanık Halil Kemal Gürüz'ün, 1995-2003 yılları arasında YÖK Başkanlığı yaptığı dönemde, Kriz Masası-Batı Çalışma Grubu toplantılarında kararların icrası için kuryelerle bilgi aktarıldığı kaydedildi. Gürüz’ün, YÖK Üst Kurulu ve üniversite rektörleriyle birlikte gericilik faaliyetleri üzerine brifinge katıldığı bilgisine de yer verildi.
Kararda ayrıca, sanık Erdoğan Öznal’ın, hükümetin istifası durumunda fiili bir müdahale olacağına dair gazetelere yazılar yazarak kamuoyunu bilgilendirmeye çalıştığı ifade edildi. Öznal’ın, 'Siyasi İslam' ile ilgili belgeyi Gürüz’e ilettiği ve belgenin, siyasi İslam’la nasıl mücadele edilmesi gerektiğine dair temel felsefeyi ortaya koyduğu vurgulandı.
Yargıtay, sanıkların cezalandırılması gerektiğine karar verirken, sanık Gürüz’ün Batı Çalışma Grubu’nun faaliyetlerinden haberdar olduğu ve diğer sanıklarla fikir birliği içerisinde hareket ettiği belirtildi. Yargıtay 3. Ceza Dairesi, eski orgeneraller hakkında verilen müebbet hapis cezasını onayladı. Diğer sanıkların ise yardım eden sıfatıyla cezalandırılmalarına karar verildi. Yargılama sonucunda, darbe girişimine yardım eden 13 sanığa 18'er yıl hapis cezası verildi.
