İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, 2014 yılında durdurulan MİT TIR'larıyla ilgili görüntülerin Cumhuriyet Gazetesi'nde yayınlanması üzerine Can Dündar hakkında soruşturma başlattı. Soruşturma, MİT'e ait TIR'ları durduran askerler hakkında yürütülen bir süreç ile bağlantılı olarak 'terör örgütü' kapsamında değerlendirildi. Başsavcı vekili İrfan Fidan, durdurma eylemini gerçekleştiren askerleri 'darbeye teşebbüs, askeri ve siyasal casusluk ve terör örgütüne üye olmak' suçlamasıyla soruştururken, Can Dündar'ı da bu soruşturma sürecine dahil etti.
Şu ana kadar, MİT TIR'larının durdurulmasıyla ilgili yürütülen soruşturmada 25 muvazzaf jandarma personeli tutuklandı. Ayrıca, TIR'ları durduran 4 savcı da Adana'da HSYK soruşturması çerçevesinde tutuklandı.